廢水的處理方法通常為物化法+生化法處理，制藥廢水中含有大量COD、SS、鹽等物質，這種廢水多采用生化法進行處理，而對于成分復雜又具有生物毒性的難降解有機物廢水，如抗生素生產廢水，采用生化法很難達標，因此，在生化前會先通過投加聚合硫酸鐵等混凝劑物化法進行預處理。

    這一類廢水會對微生物產生強烈抑制作用，影響和破壞生化系統(tǒng)。當然這一類廢水要比養(yǎng)殖污水、食品廢水在處理上更加繁瑣些。現(xiàn)在在抗生素水處理中一般會采用絮凝沉淀+水解酸化+SBR工藝等?；蚩上韧ㄟ^調節(jié)池、SBR池，再進入中間池、一級生化池、一沉淀池、二級生化池……。根據(jù)實際需要在生化池后進入沉淀池可增至三級沉淀池，甚至更多。 對于有毒性的難降解有機物一般會在沉淀池投加聚合硫酸鐵作為混凝劑進行處理，聚合硫酸鐵進入抗生素廢水中，在曝氣等攪拌的作用下會其帶電離子與水中懸浮顆粒相互碰撞，破壞有機物等物質在廢水中的懸浮穩(wěn)定性，使其相互凝聚，另外聚合硫酸鐵溶解后所形成的大量Fe3+會形成以三價鐵離子為中心的膠凝體，并且它還會形成大量具有強吸附作用多核絡合物也會將水中的懸浮污染物進行吸附網(wǎng)捕，使抗生素廢水中的難降解r的有機物及有毒物質聚集在一起。從而改善廢水的生物降解性能。